pyCADD.utils package

Submodules

pyCADD.utils.common module

class pyCADD.utils.common.BaseFile(path)

Bases: object

基本文件类型

Attributes

file_pathstr

文件绝对路径

file_namestr

纯文件名

file_dirstr

文件所在目录

file_extstr

文件扩展名(不含有点)

file_prefixstr

文件前缀名

file_suffixstr

文件后缀名(与扩展名相同)

pyCADD.utils.env module

pyCADD.utils.env.check_virtual_environment(package_name, environment_name)

pyCADD.utils.env.create_environment(environment_name, schrodinger_home, root_path=None)

pyCADD.utils.env.main()

pyCADD.utils.log module

class pyCADD.utils.log.ModifiedFileHandler(filename: str, mode: str = 'a', maxBytes: int = 0, backupCount: int = 0, encoding: str | None = None, debug: bool = False, delay: None = None, use_gzip: bool = False, owner: Tuple[str, str] | None = None, chmod: int | None = None, umask: int | None = None, newline: str | None = None, terminator: str = '\n', unicode_error_policy: str = 'ignore', lock_file_directory: str | None = None)

Bases: ConcurrentRotatingFileHandler

emit(record)

Emit a record.

Override from parent class to handle file locking for the duration of rollover and write. This also does the formatting before locks are obtained, in case the format itself does logging calls from within. Rollover also occurs while the lock is held.

pyCADD.utils.log.get_logfile_name()

依据当前日期生成log文件的文件名 如已有重复文件则添加递增后缀 Return ——— str

log文件名

pyCADD.utils.tool module

class pyCADD.utils.tool.Myconfig(defaults=None)

Bases: ConfigParser

重写以解决配置读取大小写修改问题

optionxform(optionstr)

pyCADD.utils.tool.check_file_update_progress(file_path: str, progress: Progress, task_ID: str, time_sleep: int = 3)

定时检查文件是否存在 已存在则更新进度条

Parameters

file_pathstr

检查的文件路径

progressrich.progress.Progress

进度条对象

task_IDstr

要更新的进度条任务ID

time_sleepint

检查间隔时间

pyCADD.utils.tool.download_pdb(pdbid, download_dir: str | None = None, overwrite: bool = False) → None

从RCSB服务器下载PDB文件

Parameters

pdbidstr

PDB ID

download_dirstr

下载目录

overwritebool

是否覆盖已存在的文件

pyCADD.utils.tool.download_pdb_list(pdblist: list, download_dir: str | None = None, overwrite: bool = False) → None

多线程下载PDB ID列表中的所有PDB文件 Parameters ———- pdblist : list

PDB列表

download_dirstr

下载目录

overwritebool

是否覆盖已存在的文件

pyCADD.utils.tool.get_config(config_file: str) → Myconfig

读取配置文件

Parameters

config_filestr

配置文件路径

Return

Myconfig

配置文件对象

pyCADD.utils.tool.get_lib_dir()

获取pyCADD库所在的Absolute PATH

pyCADD.utils.tool.is_amber_available()

检查Amber/mberTools是否安装并配置好环境变量

pyCADD.utils.tool.is_gaussian_available()

检查Gaussian 16是否安装并配置好环境变量

pyCADD.utils.tool.is_multiwfn_available()

检查Multiwfn是否安装并配置好环境变量

pyCADD.utils.tool.is_pmemd_cuda_available()

检查AMBER CUDA加速是否可用

pyCADD.utils.tool.makedirs_from_list(path_list: list) → None

输入包含多个PATH的列表 尝试创建列表中的所有目录

Parameters

path_listlist

要创建的PATH列表

pyCADD.utils.tool.timeit(func)

计时装饰器

pyCADD.utils.ui module

class pyCADD.utils.ui.UI(menu_name: str = 'Main')

Bases: object

pyCADD程序用户交互界面(user interface)

property basic_info: None

基础信息

clear_info()

清空额外信息内容

create_panel(options: list = None, additional_info: str | dict = None, options_label: str = 'Analysis Options', show_panel: bool = True) → None

建立并渲染UI Parameters ———- options : list

选项框内容

additional_infostr | dict

选项框上方的额外信息 传入字典时 可用于修改已存在的同key信息内容

options_labelstr

选项框标签名

show_panelbool

是否显示UI

get_confirm(text: str, default=True)

读取输入指令 返回确认值

get_input(text: str, choices: list | None = None, default=None, show_default: bool = True, show_choices: bool = False)

读取输入指令 返回flag

property info_index

property system_info: None

系统基本信息

property title: None

程序标题样式

property version_info: None

版本信息

Module contents