pyCADD.VSW package

Submodules

pyCADD.VSW.base module

class pyCADD.VSW.base.VSW

Bases: _Console

Python Script for Virtual Screening Workflow.

property database_list: list

化合物库成员列表

property genelist: list

基因成员列表

generate_input_file() → None

生成VSW输入文件

get_gene() → str

打印当前基因信息并获取用户指定的VSW基因

get_receptor_list() → None

读取基因对应的PDB列表文件

read_databse() → str

读取化合物库信息

read_gene() → str

读取受体信息

property required_dir

run() → None

启动VSW

select_database() → None

打印当前化合物库信息并获取用户指定的化合物库名称

property vsw_dir: str

pyCADD.VSW.core module

pyCADD.VSW.core.gen_input_file(recep_list: list, lig_file: str, jobname: str = '')

生成vsw输入文件

Parameters

recep_listlist

将要作为受体进行VSW的所有受体(PDBID, 配体ID)组成的列表

lig_filestr

用于VSW的化合物库文件PATH

Return

str

生成的inp输入文件名

pyCADD.VSW.core.read_database_config(database_config_path)

从文件中读取化合物库路径信息

Parameters

database_config_pathstr

化合物库路径信息文件路径

Return

dict

化合物库路径配置信息

pyCADD.VSW.core.read_gene_config(gene_config_path)

从文件中读取可供筛选的受体基因

Parameters

gene_config_pathstr

受体信息配置文件路径

Return

dict

受体配置信息

pyCADD.VSW.register module

pyCADD.VSW.register.del_database(database: str, label: str = 'DATABASE')

从注册配置文件中删除指定数据库

Parameters

databasestr

注册数据库名

labelstr

数据库分类标签

pyCADD.VSW.register.del_gene(gene: str, family: str = 'GENE')

从注册配置文件中删除指定基因

Parameters

genestr

注册基因名

familystr

基因家族标签名(可选)

pyCADD.VSW.register.reg_database(database: str, label: str = 'DATABASE', path: str = '')

注册基因并添加到配置文件中

Parameters

databasestr

注册数据库名称

familystr

数据库标签

pathstr

注册数据库路径

pyCADD.VSW.register.reg_gene(gene: str, family: str = 'GENE', path: str = '')

注册基因并添加到配置文件中

Parameters

genestr

注册基因名

familystr

基因家族标签名(可选)

pathstr

基因PDBID 列表文件路径

pyCADD.VSW.ui module

class pyCADD.VSW.ui.UI_VSW(menu_name: str = 'VSW')

Bases: UI

虚拟筛选UI

get_database() → None

打印当前化合物库信息并获取用户指定的化合物库名称

get_gene() → None

打印当前基因信息并获取用户指定的VSW基因

run(flag) → None

Module contents