pyCADD.Density package

Submodules

pyCADD.Density.base module

class pyCADD.Density.base.Gauss(st_path: str)[source]

Bases: object

Gaussian 计算调用模块

create_inputfile(job_name: str, loose: bool = True)[source]

创建当前设定状态下的输入文件 Parameter ——— job_name : str

任务名

  • opt 结构优化

  • energy 单点能量计算

  • absorb 激发态激发能(吸收)

  • emission 激发态发射能

loosebool

是否提高优化任务中的收敛限 更快收敛

Return

str

创建的高斯输入文件名称

extract_cube(mo: int)[source]

提取分子轨道cube格点文件

Parameters

moint

分子轨道(MO)编号

class property gauss
get_mo_info()[source]

获取HOMO/LUMO分子轨道信息

read_origin_st()[source]

读取原始结构文件名与格式信息

run()[source]

启动任务

set_DFT(dft: str)[source]

设定泛函数

set_basis_set(basis_set: str)[source]

设定基组

set_charge(charge: int = 0)[source]

设定电荷量

set_multiplicity(spin_multi: int = 1)[source]

设定自旋多重度

set_solvent(solvent: str)[source]

设定PCM模型溶剂

classmethod set_system(cpu_count, mem)[source]

计算资源设定

Parameters

cpu_countint

计算使用核心数量

memstr

计算使用内存大小

class property system_info

当前系统计算资源信息

Return

cpu(s), memory

pyCADD.Density.core module

class pyCADD.Density.core.Daemon(cmd, pidfile='/tmp/daemon.pid', stdin='/dev/null', stdout='/dev/null', stderr='/dev/null')[source]

Bases: object

daemonize()[source]
restart()[source]
run()[source]
start()[source]
stop()[source]
pyCADD.Density.core.cube_file_generate(fchk_file: str, mo: int)[source]

生成分子轨道cube Grid文件

Parameters

fchk_filestr

高斯计算检查点文件(非二进制)

moint

分子轨道(MO)编号

Return

str

生成的Grid文件名

pyCADD.Density.core.generate_energy(original_st: str, charge: int, multiplicity: int, dft: str = 'B3LYP', basis_set: str = '6-31g*', solvent: str = 'water', correct: bool = True, td: bool = False)[source]

生成Gaussian单点能计算输入文件

Parameters

original_ststr

原始分子结构文件路径

chargeint

电荷量

multiplicityint

自旋多重度

dftstr

泛函数

basis_setstr

基组

solventstr

PCM模型溶剂

Return

str

生成的输入文件名称

pyCADD.Density.core.generate_fchk(chk_file: str)[source]

生成fchk文件

Return

str

生成的fchk文件

pyCADD.Density.core.generate_opt(original_st: str, charge: int, multiplicity: int, dft: str = 'B3LYP', basis_set: str = '6-31g*', solvent: str = 'water', loose: bool = True, correct: bool = True, td: bool = False, freq: bool = False)[source]

生成Gaussian结构优化输入文件

Parameters

original_ststr

原始分子结构文件路径

chargeint

电荷量

multiplicityint

自旋多重度

dftstr

泛函数

basis_setstr

基组

solventstr

PCM模型溶剂

loosebool

是否提高优化任务中的收敛限 更快收敛

tdbool

是否为激发态结构优化计算(计算荧光/磷光发射能用)

freqbool

是否计算频率

Return

str

生成的输入文件名称

pyCADD.Density.core.get_gaussian()[source]

获取高斯可执行文件路径 Return ——— str

高斯可执行文件路径

pyCADD.Density.core.get_mo(fchk_file: str)[source]

获取HOMO/LUMO分子轨道信息

Parameters

fchk_filestr

高斯计算检查点文件(非二进制)

Return

dict[str, dict]

HOMO, LUMO分子轨道相关信息, gap值

{ ‘homo’:

{‘index’: homo_index, ‘energy’: homo_energy},

‘lumo’:

{‘index’: lumo_index, ‘energy’: lumo_energy},

‘gap’: gap value }

pyCADD.Density.core.system_default(gauss_path: str, cpu_count: int, memory: str)[source]

修改系统计算资源占用设定

Parameters

gauss_pathstr

高斯可执行文件路径

cpu_countint

CPU核心使用数量

memorystr

内存占用大小(MB/GB)

Return

str

Gaussian 可执行文件路径

pyCADD.Density.ui module

class pyCADD.Density.ui.UI_Gauss(menu_name: str = 'Gaussian Calculate', original_st: str | None = None)[source]

Bases: UI

Gauss 计算脚本UI

property cpu_count

CPU核心数量

property mem

内存大小

run(flag)[source]

业务逻辑

set_system()[source]

设定计算核心数量与内存大小

Module contents