构建Dock输入文件时的规范

pyCADD支持三种输入文件格式：

• csv

• ini | in

• yaml | yml

Note

• 通过 csv 构建Dock输入文件，可以满足 pycadd-dock ensemble-dock 的需要，但由于其不含有受体通用名称 (如RXRα) , 在调用 pycadd-dock quick-report 时，可能会报错，请改用另外两种格式。

• 通过 ini 构建Dock输入文件时，由于ini文件类型的特性，同一PDB ID不能出现在同一受体下中两次或以上。因此, 如果晶体含有多个共结晶配体，且需要分别计算，请将所有共结晶配体名称赋值于同一PDB ID下，并以英文逗号分隔。

• 通过 yaml 构建Dock输入文件是推荐格式，可以满足所有情况下的需求，但需要注意：

  • 由于yaml语法要求，英文 ":" 后需要有一空格

  • yaml语法要求同一Section中的内容 应该具有相同的缩进，类似于python

  • yaml可以为同一晶体指定多个共结晶配体, 通过多行分割，并在每一行以 "-" 分割

  • 当共结晶配体名称仅由数字组成时，使用引号将其包裹(e.g ‘056’)

以下是三种格式的示例：
csv

1XJ7,DHT
1XQ3,R18
2AM9,TES
2AM9,DTT
2YLP,TES
2YLP,056

ini | in

[P10275]
    1XJ7: DHT
    1XQ3: R18
    2AM9: TES,DTT
    2YLP: TES,056

yaml | yml

P10275:
    1XJ7: DHT
    1XQ3: 
    - R18
    2AM9: 
    - TES
    - DTT
    2YLP:
    - TES
    - '056'