Density User Guide

Density 模块为自动化执行 Gaussian 相关计算的功能模块。
2.0版本开始，该模块已提供CLI支持，因此，您可直接运行 pycadd-density 命令来提交所需的分子结构计算任务。

使用命令行

pycadd-density --help
pycadd-density optimize --help
pycadd-density single-point --help
pycadd-density resp --help
pycadd-density resp2 --help

查看可用命令及选项。

Density 目前支持以下功能：

结构优化
单点能计算
RESP/RESP2 电荷计算

参数说明

结构优化

pycadd-density optimize [-c charge] [-m multiplicity] [-d dft] [-b basis_set] [-s solvent] [-l] [-p cpu_num] [-M memory] [-S save_dir] STRUCTURE_FILE

-c charge：分子电荷，默认为0。
-m multiplicity：分子多重度，默认为1。
-d dft：所使用的DFT泛函，默认为B3LYP。
-b basis_set：所使用的基组，默认为6-31G(d)。
-s solvent：所使用的溶剂模型，默认为无溶剂（真空）。使用时指定溶剂名称，如water、methanol等。
-l, --loose：使用宽松的收敛标准进行优化。
-p cpu_num：使用的CPU核心数，默认为1。
-M memory：分配给Gaussian计算的内存，默认为4GB。
-S save_dir：计算结果保存目录，默认为当前目录。
STRUCTURE_FILE：输入的分子结构文件，支持格式包括XYZ、SDF等。

单点能计算

pycadd-density single-point [-c charge] [-m multiplicity] [-d dft] [-b basis_set] [-s solvent] [-e] [-p cpu_num] [-M memory] [-S save_dir] STRUCTURE_FILE

-c charge：分子电荷，默认为0。
-m multiplicity：分子多重度，默认为1。
-d dft：所使用的DFT泛函，默认为B3LYP。
-b basis_set：所使用的基组，默认为6-31G(d)。
-s solvent：所使用的溶剂模型，默认为无溶剂（真空）。使用时指定溶剂名称，如water、methanol等。
-p cpu_num：使用的CPU核心数，默认为1。
-e, --esp_calculate：计算分子静电势。
-M memory：分配给Gaussian计算的内存，默认为4GB。
-S save_dir：计算结果保存目录，默认为当前目录。
STRUCTURE_FILE：输入的分子结构文件，支持格式包括XYZ、SDF等。

RESP/RESP2 电荷计算

pycadd-density resp [-c charge] [-m multiplicity] [-d dft] [-b basis_set] [-s solvent] [-p cpu_num] [-M memory] [-S save_dir] STRUCTURE_FILE

pycadd-density resp2 [-c charge] [-m multiplicity] [-d dft] [-b basis_set] [-s solvent] [-D delta] [-p cpu_num] [-M memory] [-S save_dir] STRUCTURE_FILE

-c charge：分子电荷，默认为0。
-m multiplicity：分子多重度，默认为1。
-d dft：所使用的DFT泛函，默认为B3LYP。
-b basis_set：所使用的基组，默认为6-31G(d)。
-s solvent：所使用的溶剂模型，默认为无溶剂（真空）。使用时指定溶剂名称，如water、methanol等。
-D delta：RESP2方法中的delta参数，默认为0.5，仅适用于resp2命令。
-p cpu_num：使用的CPU核心数，默认为1。
-M memory：分配给Gaussian计算的内存，默认为4GB。
-S save_dir：计算结果保存目录，默认为当前目录。
STRUCTURE_FILE：输入的分子结构文件，支持格式包括XYZ、SDF等。